Até onde eu sei, os componentes do firewall do Windows (serviços, ganchos, etc.) são geralmente usados pelos firewalls de terceiros (quando eles desativam o firewall interno do Windows, eles assumem o controle dos componentes subjacentes).
Não vejo nenhum problema potencial desativando o firewall interno, mas ter dois firewalls ativos parece bastante problemático para mim (o mesmo que ter dois aplicativos antivírus).
BTW, acho que não adianta instalar um firewall de terceiros, a menos que eles suportem algumas funções avançadas de IDS / IPS (que o firewall interno do Windows não suporta). Para qualquer outro propósito, o firewall embutido no Win7 é bastante fácil de usar e direto.