Os funcionários podem, claro, fazer backup de tudo para as pastas locais em suas máquinas. Uma vez que o trabalho nos servidores de e-mail é feito, eles podem simplesmente mover os e-mails de volta para os servidores de e-mail.
Eu recomendo que eles copiem os emails para as pastas locais em vez de movê-los. Eu tenho visto casos em um trabalho anterior de arquivos nas máquinas sendo corrompidos. O Thunderbird fez isso várias vezes. É melhor prevenir do que remediar.
Boa sorte.