O uso de barras em um arquivo HTML para apontar para outros arquivos é compatível e --normal--. As barras invertidas não devem ser usadas em URLs.
Se você quiser salvar um site localmente, precisará salvar cada página em pastas em relação umas às outras, assim como no site original.
Os problemas que você está tendo são devido à falta de conceitos básicos de estrutura de diretórios e arquivos. (Você não tem uma compreensão básica do significado de ponto-ponto, por exemplo).
Você deve considerar adquirir um pacote de software para "ripar" um site. Colocaria todas as páginas como você precisa delas. (Faça uma nova pergunta se quiser seguir esse caminho.) Estou assumindo que o que você está fazendo é "ético". Garanta que sua reprodução do site seja permitida e / ou desejada.
Caso contrário, você precisa aprender conceitos básicos de arquivos e diretórios. Gostaria de sugerir, crie sua própria página HTML simples, que vincula a outras páginas em uma estrutura de diretórios. Uma vez que você tenha sucesso com isso, você poderá "ripar" um site manualmente e saber onde colocar cada arquivo.
Editar:
Coloque os dois arquivos HTML em uma pasta. Defina o A-HREF para apontar para o nome do arquivo ao qual você está ligando.
Editar 2.0: Como apontar para um diretório de arquivos PDF:
<a href="../thatdir">PDF files</a>