Para responder minha própria pergunta para referência futura;
Parece que a instalação de um driver de placa de som virtual resolve o problema . De alguma forma, na inicialização, o Powerpoint parece procurar por placas de áudio e, se não encontrar nenhuma, omite a faixa de áudio durante a conversão para vídeo.
Ao instalar o driver falso, o Powerpoint é eventualmente enganado em um falso positivo e executa a conversão sem problemas.