Acontece que as pessoas que desenvolveram o projeto do prompt de líquido notaram e encontraram a solução, que é que a configuração PROMPT_COMMAND parece desativar a execução de update_terminal_cwd
:
basicamente, você pode simplesmente adicionar algo como:
fish_style_dir_cmd='CurDir='pwd|sed -e "s!$HOME!~!"|sed -Ee "s!([^/])[^/]+/!/!g"''
PROMPT_COMMAND="update_terminal_cwd;$fish_style_dir_cmd"