É difícil ajudar sem muitos detalhes técnicos. O problema pode muito bem ser a transparência - que eu encontrei não funciona muito bem em algumas configurações. Geralmente, a transparência é controlada por xcompmgr, compton, compiz ou kwin. Eu não tive muita sorte com estes (longo prazo) winth meu sistema nvidia ou meu sistema de gráficos Intel. Matar o driver de transparência significa perder fundos transparentes / translúcidos, mas geralmente conserta a área de trabalho. Sob (xcompmgr pelo menos, eu suspeito que os outros também) você pode reativar o xcompmgr para trazer de volta a transparência e as janelas serão redesenhadas corretamente - pelo menos por um tempo.