É para o caso em que você digita sua senha incorretamente. Por exemplo, se eu quiser usar a senha 'password', e não houver senha de confirmação, e meu dedo deslizar no meio da digitação, eu posso acabar com:
pssword
pzssword
paqssword
...
Ao fazer você digitar a senha duas vezes, você pode ter certeza de que digitou corretamente as duas vezes, então é realmente a senha que você quer, e não uma diferente.
(BTW: não há como desabilitar isso)