Não há necessidade de converter o arquivo .iso em um .vmdk . Você pode simplesmente colocar a imagem iso no leitor de cd virtual, e inicializar isso. Então você pode instalá-lo.
Esta solução, que é mais simples que a que você adotou, pode ter a vantagem, neste ponto, de contornar o problema com permissões de arquivo. Você já tentou montar o iso em loop e ver se as permissões do arquivo foram alteradas? Se não, esta é a saída mais simples para você.