Você pode dar ao terminal um número inteiro para abrir uma nova janela. Não sei se isso é automático o suficiente:
set terminal aqua
plot x
set terminal aqua 1
plot x**2
...
Se você não quiser especificar o terminal explicitamente, você pode usar a variável GPVAL_TERM:
plot x
set terminal GPVAL_TERM 1
plot x**2
...
Isso deve funcionar com todos os terminais interativos ( x11
, aqua
, wxt
e qt
).