Provavelmente devido a arquivos esparsos. Isso pode acontecer se os arquivos tiverem blocos que ainda não foram escritos (eles permanecem todos 0). O sistema internamente não aloca todo o espaço até que todo o arquivo tenha sido escrito pelo menos uma vez.
É uma otimização que acontece automaticamente no linux por padrão, se o sistema de arquivos suportar isso. A maioria faz. Basta levar em conta que esses arquivos podem crescer até o tamanho declarado.
Para mais informações e uma maneira de reproduzi-lo com o comando "dd" (abrir o arquivo, procurar longe, escreva só um pouco): link