Comando engraçado, e não parece certo ...
Se você estiver executando sem CDing na pasta bin, tente:
"C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\mysqld-nt.exe" --init-file=C:\mysql-init.txt
Primeiro, você pode tentar usar o nome do executável como .exe. Segundo, \
é geralmente usado para caminhos UNC, não vejo por que você precisa deles no comando, use apenas \
a menos que esteja chamando de algo que escaparia do primeiro \
como C #.
Por fim, encaminhe o caminho para o exe em "" para garantir que ele não divida o caminho nos espaços.