I'm just trying to figure out whether this is a problem that I should really consider getting fixed, or whether I should assume its all good and I don't have to worry.
Bem, obviamente, é um problema sério se estiver lá.
Você deve tentar remover a tampa da cpu e depois executá-la por um longo tempo (porque os sistemas de computador fingem acertar sem fazer nada) e, em seguida, esclarecer se houver algum problema. Lá você vai observar o problema claramente (espero que não haja nenhum).
Bom, de acordo comigo, usar um ventilador de terceiros é uma opção melhor se o ventilador não estiver incluído na garantia da CPU (suponho que houve algum).
Espero que isso resolva seu problema. :)