Esse problema é comum a vários programas VNC, pois eles podem ser usados de maneira maliciosa. O problema é que eles são usados principalmente para acesso e administração remotos, e os programas antivírus ainda os sinalizam, geralmente como "potencialmente indesejados", mas às vezes sob uma categoria de malware mais geral.
Em alguns casos, apenas tentar abrir uma porta VNC é suficiente para causar algum tipo de alerta. Os clientes de IRC também têm esse problema, pois muitos botnets se conectam a servidores de IRC para comando e controle.
Não há uma boa solução, além de deixar claro para quem está baixando / executando o programa que NÃO é malicioso, mas muitos programas antivírus dizem o contrário. Eu não posso dar conselhos sobre como explicar isso para alguém que está inclinado a acreditar no contrário.