/usr/include
já está presente na minha instalação do Mavericks (eu tenho 178 arquivos, 14 links simbólicos, 59 dir). Então você provavelmente não copiou eles (mas eu também tenho o Xcode).
Sobre as licenças, elas já estão presentes nos próprios arquivos: Por exemplo, sys/types.h
está sob o Apple Public Source Licence
, o que permite redistribuí-lo.