O que você está procurando é uma nova sessão que use o dock sozinho. Eu acredito que o que você precisa é cairo-dock
. Ele instalará uma nova sessão que você pode selecionar na sua tela de login, que permite usar uma sessão apenas de encaixe (assim, o iniciador do Unity e o painel não serão exibidos).
Quando você fizer login no computador, haverá um botão com o logotipo do Ubuntu ao lado do seu nome (não digite sua senha ainda).
Clique neste botão e você verá uma lista de "sessões" nas quais você pode entrar. Escolha Cairo-dock e insira sua senha e pressione Enter. Você não fará login em uma sessão do Cairo-Dock a partir de agora.