Acho que os ícones ficaram menores e é por isso que parece mais longe.
Clique uma vez na área de trabalho para se certificar de que está selecionado, então segure a tecla CTRL e role para cima ou para baixo com o mouse. Isso mudará o tamanho dos ícones junto com seu posicionamento (dependendo do tamanho, o Windows decide como posicioná-los na grade).