Eu acredito que o Terminator oferece todos os recursos que você precisa. Tecnicamente, ele só abre uma única janela de terminal, mas você pode ter tantos painéis, dividir como desejar. Depois de obter uma configuração que você goste, é simples salvar seu "perfil" para uso posterior.
Terminator Home: link
Fácil instalação do Ubuntu: sudo apt-get install terminator