Eu peguei o caminho mais fácil:
- Coloque todos os meus arquivos alterados no Dropbox (havia apenas um punhado - acho que estar ocupado no trabalho tem seus benefícios).
- Encerre o PC
- Retirou o disco restante de 1 TB
- Iniciou o sistema
- Permitir que os arquivos sejam sincronizados novamente
Isso deve estar bem - eu tive sorte. Depois de algumas semanas, vou formatar a outra unidade e colocá-la de volta no sistema.