Acho que seu título tem o que você quer de trás para frente. Sua descrição parece que você deseja ocultar dados do gráfico, mas não da tabela.
Você poderia:
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Crie um gráfico normal a partir dos dados da tabela dinâmica, que inclui apenas alguns dos dados dinâmicos. A atualização do gráfico falhará se a tabela dinâmica mudar de tamanho.
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Ocultar a série indesejada no gráfico dinâmico (sem marcadores e linhas ou sem bordas e preenchimentos).
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Exclua os dados indesejados da tabela dinâmica.
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Crie uma segunda tabela dinâmica apenas com os dados que você deseja exibir no gráfico.