As configurações em gsettings set org.gnome.desktop.default-applications.terminal exec não afetam o comportamento da entrada do menu de contexto. O terminal usado é gnome-terminal e é hard coded em libterminal-nautilus.so no pacote gnome-terminal . E essa biblioteca é usada pelo Nautilus.
Talvez isso seja alterado em versões futuras, mas atualmente é um fato.