Você deve ter uma abordagem um pouco diferente. Dê uma olhada no utilitário PsExec . O PsExec pode executar scripts BATCH em máquinas remotas. Portanto, em seu script BATCH local, você executaria o mstsc de forma assíncrona, como opção, aguardaria alguns segundos e, em seguida, chamaria o PsExec para executar seu segundo script remotamente.