Parece que você instalou o grub na unidade USB. Para corrigir isso,
A partir do seu sistema Linux inicializado, abra um terminal e use os seguintes comandos:
sudo grub-install /dev/sdX
sudo update-grub
Substituindo sdX pela unidade atual, que provavelmente será sda, mas use o utilitário de disco para verificar novamente se você não tem certeza.