Não consegui ver nada de errado com o seu código no início. Na verdade, eu o executei e funcionou bem, exceto que ele substituiu o commondb por $ {name}, em vez do uso de aspas simples no comando sed. Mudar para aspas duplas funcionou bem.
#!/bin/bash
# Execute like this:
# bash localize.bash users.csv
OLDIFS=$IFS
IFS=","
while read name dummy
do
echo $name
find /home/${name} -name '*.php' -exec sed -i '' "s/commondb/${name}db/g" "{}" \;
done < $1
IFS=$OLDIFS