Pode haver diferença sutil no hardware entre os sistemas. Não há dois módulos de RAM ou CPU que executem o mesmo, mesmo que tenham sido fabricados na mesma fábrica. Uma CPU pode usar melhor a energia ou funcionar mais fria, enquanto o processamento da RAM em um conjunto de módulos pode ser melhor do que um conjunto idêntico.
O mesmo para placas-mãe. Existem muitas variáveis aqui para tentar encontrar o problema. Você pode dar uma olhada no Benchmarking para que o software teste os dois sistemas e, em seguida, tente desativar o hardware que pode estar com falta de desempenho.