Você precisa usar o wmctrl para fazer isso. Você pode ter que instalá-lo a partir dos repositórios. Depois de instalá-lo, abra uma janela do gedit, posicione-a e redimensione conforme desejar. Agora vá para um terminal e emita o comando:
wmctrl -lG
Você receberá uma saída contendo várias linhas como esta:
0x02400012 2 912 23 794 176 rasal Untitled [modified] – gedit
As colunas 3-6 são offsets dos cantos da janela. Seus valores serão diferentes dos meus. Agora, se você emitir esses comandos,
gedit myfile.txt &
wmctrl -r gedit -e -e 0,0,0,640,480
(insira seus valores aqui ao invés do meu, 0,0,0,640,480) você terá uma janela posicionada e dimensionada como quiser.
Se você quiser fazer isso automaticamente, crie um arquivo chamado mygedit (ou o que você quiser chamá-lo) em seu diretório bin, certifique-se de que bin está em seu caminho de pesquisa, insira nele o texto. :
#!/bin/sh
gedit $1 &
wmctrl -r gedit -e -e 0,0,0,640,480
e a partir de agora você pode invocar o gedit, corretamente dimensionado e posicionado, com o comando
mygedit myfile.txt