Como sua instalação do Linux funciona, você provavelmente pode descartar um problema de hardware. Você tem que monitorar seu sistema durante o congelamento para encontrar o culpado. Sugiro usar o Process Monitor para verificar o que está acontecendo quando esses congelamentos ocorrem:
Você também deve verificar o gerenciador de eventos. Os congelamentos ocorrem no modo de segurança? Se sim, então provavelmente é um problema enraizado nos arquivos de sistema do sistema operacional. Caso contrário, é mais provável que seja um problema de driver ou de terceiros.
Você diz que eles ocorrem com qualquer atividade. Isso inclui o tempo em que o PC está inativo? Você verificou o gráfico de desempenho do gerenciador de tarefas após os congelamentos? A CPU está esgotada?
Esse problema também pode ser causado por malware sendo executado em segundo plano e gravado ou reagindo à sua atividade, como keylogger, backdoor trojan ou worm. Para ter certeza, você deve verificar seu sistema em busca de ferramentas e programas maliciosos com o Hijackthis ou Autoruns:
Google HijackThis. O site não me deixa postar mais de dois links ...