existe uma maneira diferente de fazer isso, mas é com o compiz que você instala o "gerenciador de configurações de configuração do compiz" e acessa "opacidade, brilho e saturação" na aba de opacidade, na parte inferior, aperta o novo botão e adicione
name = gnome-panel
seu painel desaparecerá, basta deslizar a barra para ajustar a opacidade. tenha cuidado com compiz e 11.04 parece quebrar facilmente.