O LED vermelho na entrada do fone de ouvido indica que o mini-TOSLINK está ativado para saída digital. Como você não tem essa luz quando a inicialização em outro sistema operacional e os alto-falantes funcionam bem, a única interpretação que resta é - quando inicializado no Ubuntu, algo está fazendo com que seu sistema pense que o caminho do TOSLink está ativo.
Eu esperaria que seus alto-falantes estivessem bem no Ubuntu enquanto a luz vermelha estivesse acesa.
Já tentou inicializar o seu sistema a partir de um LiveCD 11.04 - provavelmente o que você instalou? Verifique o estado do LED e a saída do alto-falante com isso.