Meu palpite é que o link está sendo codificado com o tipo de ação do PDF "URI" em vez de "Iniciar", o que abriria o programa no aplicativo apropriado. Você pode testar se esse é o caso abrindo o PDF em qualquer editor hexadecimal e substituindo a instância apropriada de /Type/Action/S/URI/URI(path)
por /Type/Action/S/Launch/F(path)
.
Se isso resolver o problema, talvez seja necessário tentar produzir o PDF usando um aplicativo diferente, que não escreve os links como este, ou, alternativamente, publicar o documento usando o método acima.