Embora eu possa imaginar que algumas tarefas já possam estar alocadas em múltiplos núcleos, a maneira geral de ativar a programação paralela é obtendo a 'caixa de ferramentas de programação paralela'.
Isso lhe dá a opção de substituir alguns dos seus for loops por parfor loops.
Se você não tem essa caixa de ferramentas, talvez queira pesquisar uma alternativa gratuita como:
Execute um script que use várias sessões do MATLAB .
Claro que isso exigiria uma separação mais rigorosa do código, mas pode não ser muito trabalho para conseguir isso.