Encontrou uma maneira simples de fazer isso apenas ocultando a própria pasta Playlists. Clique com o botão direito em toda a pasta Playlists, acesse as propriedades e marque a propriedade Hidden. Aplique-o a todas as subpastas e arquivos, e ele ficará oculto no Windows Explorer. Isso impede que ele crie exatamente o álbum Não especificado na biblioteca Minhas Músicas, e o Windows Media Player ainda tem acesso aos próprios arquivos da lista de reprodução.