Só porque algum componente do Windows mostra algo, não significa que ele realmente exista. O Windows Explorer, e eu assumo o Internet Explorer, às vezes mostra arquivos e pastas fictícios, e às vezes também não mostra o conteúdo real do sistema de arquivos. Se você usar o comando comando "dir" do prompt, com o botão para tornar arquivos "ocultos" e "sistema" visíveis, você pode ver o que realmente está lá e remover o que você quiser. Seus favoritos do IE (geralmente conhecidos como "favoritos"), estão localizados em seu diretório de perfil de usuário na pasta "Favoritos", e consistem em arquivos com extensão ".url".
Além disso, esteja ciente de que o Internet Explorer às vezes cria pastas na pasta Favoritos, e dá aos usuários nada a dizer sobre o assunto.