Isso é único ou você está tentando fazer um script?
Você poderia simplesmente abrir o arquivo .desktop em qualquer editor de texto e procurar a linha que começa com Exec= e depois executá-la.
Concedido, isso não vai "apenas funcionar" no Windows, executáveis, caminhos diferentes, etc. Talvez você devesse postar um dos arquivos .desktop em questão.