Após mais de dois anos, encontrei uma solução: havia um determinado serviço em execução chamado Windows Live Mesh remote connections service , que parece ter causado o problema. Desativar este serviço resolveu o problema.
No meu computador com Windows 7, tenho dois monitores idênticos conectados a uma NVIDIA GeForce GT 230 com drivers atuais (oficiais, não Windows Update). Os drivers de ambos os monitores explicitamente instalados (não o driver PnP padrão). Toda vez que eu inicializo, a resolução do segundo monitor é padronizada para 1280x1024, enquanto a resolução nativa seria de 1680x1050. A tela principal tem a resolução correta.
Além de atualizar drivers e reconfigurar qualquer coisa via Windows e nVidia-Control-Panel, eu até tentei outro monitor do mesmo tipo. Depois de tudo o que falhou eu editei as seguintes chaves de registro:
HKEY_CURRENT_CONFIG\System\CurrentControlSet\Control\VIDEO\...
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet001\Hardware Profiles\UnitedVideo\CONTROL\VIDEO\...
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet002\Hardware Profiles\UnitedVideo\CONTROL\VIDEO\...
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Hardware Profiles\UnitedVideo\CONTROL\VIDEO\...
O que fiz foi procurar essa resolução de 1280x1024 e substituí-la pela nativa. Eu fiz o mesmo para a taxa de atualização e alguns outros valores. Na maioria dos casos, havia uma chave para a tela principal com a resolução correta e outra para a tela secundária com a resolução mais baixa que eu corrigi.
Eu notei algumas chaves chamadas VGASAVE como esta:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Hardware Profiles%code%01\System\CurrentControlSet\SERVICES\VGASAVE\DEVICE0
com essa menor resolução 1280x1024 inferior configurada. Eu não toquei nelas porque a tecla diz "SAVE", mas veio à minha mente que o padrão da tela é algum tipo de modo de segurança na inicialização. Por que isso poderia ser o caso? Ou há um local de registro que eu poderia ter perdido?