As correções .NET aplicam-se somente ao .NET Framework. Se os Frameworks estiverem instalados, eles devem ser corrigidos.
Eu não acredito que qualquer sistema operacional Windows Server requeira o .NET Framework para funcionalidade, já que eles são componentes opcionais. No entanto, isso se aplica apenas ao SO base. Pode haver componentes opcionais que não são instalados por padrão que os requerem.
Obviamente, existem servidores MS, como o SQL Server, que requerem que os Frameworks funcionem.
No final, se o MS Update estiver mostrando a necessidade de um patch .NET, não há motivo para não aplicá-lo.