Você pode influenciar o que :mksession persiste por meio da configuração 'sessionoptions' . Por exemplo, removendo options dela, as opções alteradas e os mapeamentos não são mais persistidos.
Além disso, a sessão salva é apenas um script Vim. Você pode filtrar manualmente / automaticamente o material que está quebrado ou não é necessário. O plugin session.vim - Gerenciamento de sessão estendido para o Vim também faz esse tipo de pós-processamento.