A resposta curta para a minha pergunta é não, a partição de inicialização não precisa estar no início da unidade. Os seguintes passos funcionaram para mim:
- Reduziu a partição na minha unidade grande e criou uma nova no final.
- Usado o recurso drive-to-drive do DriveImage XML para copiar todo o meu SSD para a nova partição.
- Reiniciei meu computador com o DVD do Windows 8 e meu SSD.
- Inicializado a partir do DVD e deixe-o tentar "reparar" automaticamente a instalação do Windows.
- Reiniciado novamente, com o DVD esgotado, e o Windows 8 fez mais alguns reparos automáticos.
Tudo parece estar funcionando perfeitamente agora e, francamente, estou bastante impressionado com a capacidade do Windows de se consertar.