Aqui você pode encontrar a solução. Parece problema java. Devido ao X11 se tornar open source, a Apple cometer algum erro ao atualizar seus programas.
De repente, meu Matlab (2012b) não funciona. Ele começa bem, mas não responde a nenhuma tecla, se eu minimizá-lo volta como apenas uma janela cinza. Eu tentei reinstalar o Matlab, xQuartz (eu realmente desinstalei e instalei). Alguma ideia do que pode causar isso?