Parece que /Library/Preferences/cacert.pem
não é não gerenciado pelo OS X Key Chain. Parece ser um arquivo que o JungleDisk colocou lá originalmente.
Eu baseio isso em:
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Examinando alguns dos certificados, que não correspondem à GUI do Key Chain do OS X.
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Quando eu excluo o arquivo e deixo o JD recriá-lo, ele corresponde exatamente ao original.