Em alguns sistemas baseados em Unix, você pode dizer
touch –rfile1 file2
para definir o horário de modificação do arquivo 2 para o arquivo 1 .
(Nesse caso, -r significa referência , acredito.)
Se você copiou um diretório inteiro, como em cp -r old new , tente
cd old
find . –exec touch -r {} ../new/{}
Continue com cuidado; Eu não testei isso.