Depende de que tipos de sistemas você precisa para acessar a partição.
Se você só precisa acessá-lo de outros sistemas Linux / Unix / BSD, você provavelmente deve estar certo em formatá-lo com algum sistema de arquivos ext (eu recomendaria ext4 ). Se você precisar acessá-lo também em sistemas Windows, deverá formatá-lo com NTFS ou com algum FAT FS. Se você quiser que a maioria dos dispositivos com capacidade USB possa usá-lo (por exemplo, TVs com portas USB, sistemas estéreo, PS3 etc.), você deve formatá-lo com vfat .