.Xdefaults são lidos por xapps ( xterm , xclock , etc.) sempre que o xapp é iniciado. .Xresources geralmente são carregados uma vez por xrdb durante a inicialização do servidor X (por exemplo, startx script). Descrição mais detalhada aqui
Quando você inicia xterm em uma máquina remota, ele tenta ler o arquivo .Xdefaults remoto. Basta colocar seus recursos lá ou vincular ln -s .Xresources .Xdefaults no seu diretório home.