Se a sua pasta de origem foi alterada, vá para Projeto > Propriedades > Caminho de construção Java > Fonte - remova sua pasta de origem antiga e escolha uma nova.
Estou usando o Eclipse Helios com vários projetos no mesmo espaço de trabalho. Quando a pasta do código-fonte muda, eclipse dá um erro sobre "não é possível encontrar arquivos", o que é OK, mas não há nenhuma opção para dizer onde estão os arquivos agora. Preciso excluir o projeto e criar um novo. Isso leva tempo porque os projetos fazem referência a outros, eles têm makefiles não padrão que demoram para serem configurados no eclipse.
Eu não consigo encontrar uma resposta para isso em qualquer lugar na internet.
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