Tente a tela. É uma espécie de terminal virtual que executa o seu shell. Você começa digitando "screen [enter]" e então inicia seu shell favorito (bash?).
Inicie o seu script e pressione "[CTRL] -A-D", a tela fica no segundo plano enquanto ainda executa o shell e as tarefas e você pode fazer logoff. Também funciona assim quando a conexão cai.