Este é um artigo de suporte da Microsoft que discute o problema de e-mail duplicado no Outlook 2010:
O principal problema do site é que o cliente Outlook está procurando por email antes de concluir uma verificação completa de qualquer novo email. Se a mensagem não estiver marcada como delete antes de concluir esta verificação, ela poderá fazer o download do mesmo resultando em duplicatas.
Outra coisa a verificar na minha experiência, se você estiver usando o Exchange, é executar o rastreamento de mensagens em um desses e-mails. Verifique se o servidor de e-mail está enviando apenas uma cópia da mensagem de e-mail. Se o servidor HUB estiver duplicando o e-mail, isso é um sinal de que é um problema no nível do servidor e não no nível do cliente.