Seus requisitos e contradições - por um lado, você quer manter o sistema operacional e limpar o resto do computador, por outro lado, o sistema operacional está infectado com worms e malware. Assim, você não cumprirá sua meta de obter uma instalação limpa.
Por isso, recomendo obter a chave do produto do registro - ela está armazenada lá criptografada, mas há ferramentas que a descriptografam.
Por exemplo: (mas existem muitos outros)