A solução foi tentar executar o ssh no modo de depuração executando em outra porta:
/usr/sbin/sshd -d -D -p 222
em seguida, executando o cliente com
ssh -v -p 222
e ficou visível que ele realmente pega o ambiente. O problema era que o script ssh restart do NAS
/usr/syno/etc/rc.d/S95sshd.sh restart
realmente não reiniciou o sshd, mas apenas abandonou as conexões existentes e não conseguiu reler a configuração. Uma vez reiniciado, a configuração foi selecionada e tudo começou a funcionar.