A solução mais simples seria mover os arquivos para uma partição diferente e depois fazer o backup. Você está indo contra isso, e eu não acho que você encontrará uma solução que exclua especificamente as coisas que um usuário típico realmente deseja manter.
Você ainda vai acabar tirando uma imagem do seu perfil, e eu não consigo pensar muito sobre isso. Se você quer ter uma imagem limpa para futuras instalações, é melhor começar de novo e usar o imagex e outras ferramentas para produzir sua própria instalação personalizada.