Eu tive coisas semelhantes acontecem no meu sistema com o Nvidia Optimus quando está no modo Intel, mas nunca quando no modo Nvidia (eu toggle-lo usando nvidia-settings).
Eu acho que é devido a uma implementação de buggy open gl e não muito boa manipulação dele por compiz e unidade. Se você pressionar Alt-F2 e puder obter uma caixa de diálogo de execução, poderá reinicializar a unidade ou o compiz sem perder aplicativos em execução invocando a opção replace e um E comercial para deixá-lo ir para o plano de fundo.
compiz --replace &
ou
unity --replace &
Se você quiser corrigir os erros, talvez seja necessário experimentar alguns dos drivers gráficos mais recentes deste ppa link
ou um kernel mais recente do kernel da linha principal ppa pode torná-lo mais estável
link