Tente os seguintes comandos diretamente ou de um arquivo de lote em um prompt de comando elevado:
reg add "HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon" /v Shell /d "Drive:\Path to\My app.exe" /f
shutdown /f /r /t 0
(Obviamente, você precisa editar o primeiro comando para especificar o caminho completo para o seu aplicativo.)